Bahaya atau resiko kesehatan yang berhubungan dengan pencemaran air yang disebabkan kandungan khlorin secara umum dapat diklasifikasikan menjadi dua yakni bahaya langsung dan bahaya tak langsung.
Bahaya langsung terhadap kesehatan manusia/masyarakat dapat terjadi akibat mengkonsumsi air yang tercemar atau air dengan kualitas yang buruk, baik secara langsung diminum atau melalui makanan, dan akibat penggunaan air yang tercemar untuk berbagai kegiatan sehari-hari untuk misalnya mencuci peralatan makan dll, atau akibat penggunaan air untuk rekreasi.
Bahaya terhadap kesehatan masyarakat dapat juga diakibatkan oleh berbagai dampak kegiatan industri dan pertanian. Sedangkan bahaya tak langsung dapat terjadi misalnya akibat mengkonsumsi hasil perikanan dimana produk-produk tersebut dapat mengakumulasi zat-zat pulutan berbahaya.
Pencemaran air minum oleh virus, bakteri patogen, dan parasit lainnya, atau oleh zat kimia, dapat terjadi pada sumber air bakunya, ataupun terjadi pada saat pengaliran air olahan dari pusat pengolahan ke konsumen.
Di beberapa negara yang sedang membangun, termasuk di Indonesia, sungai, danau, kolam (situ) dan kanal sering digunakan untuk berbagai kegunaan, misalnya untuk mandi, mencuci pakaian, untuk tempat pembuangan kotoran (tinja), sehingga badan air menjadi tercemar berat oleh virus, bakteri patogen serta parasit lainnya. Disinfeksi adalah memusnahkan mikro- organisme yang dapat menimbulkan penyakit.
Disinfeksi merupakan benteng manusia terhadap paparan mikro-organisme patogen penyebab penyakit, termasuk di dalamnya virus, bakteri dan protozoa parasit (Bitton, 1994).
Khlorinasi adalah proses untuk pengaman terhadap mikroorganisme patogen. Pemusnahanpatogen dan parasit dengan cara disinfeksi sangat membantu dalam penurunan wabah penyakit akibat konsumsi air dan makanan.
Namun demikian pada tahun-tahun belakangan ini ditemukan bahwa di dalam proses khlorinasi terjadi hasil samping berupa senyawa halogen organik yang dapat meracuni manusia maupun binatang, sehingga mendorong untuk menemukan disinfektan yang lebih aman.
Ditemukan pula bahwa beberapa patogen atau parasit telah resistan terhadap disinfektan. Sebagai fungsi tambahan selain kegunaannya untuk memusnahkan patogen, beberapa disinfektan seperti ozon, khlorine dioxide, berfungsi juga untuk oksidasi zat organik, besi dan mangan serta untuk mengontrol masalah rasa dan warna dan pertumbuhan alge.
